Забредя к обломкам древнего монумента, старшеклассник Макото Мидзухара случайно пробуждает загадочную спящую девушку, которая утверждает, что ждала его целых 10 000 лет. Вскоре он и его одноклассники — Кацухико с сестрой Нанами и учитель-пьянчуга Масамити — оказываются в параллельном мире Эль-Хазард. Макото и Масамити приходят в себя в густых джунглях, где им удаётся спасти принцессу королевства Роштария от опасных жуков. Масамити, обладая новыми силами, быстро расправляется с врагами, но вскоре Макото оказывается вынужденным выдать себя за пропавшую младшую сестру принцессы и выполнять её обязанности.
Тем временем, Кацухико попадает в империю Багром, где становится командиром армии жуков и получает возможность осуществить свою мечту о мировом господстве и отомстить Макото. Но в этом мире не всё так просто: зловещие силы плетут заговор, и вскоре на горизонте появляется схватка, от исхода которой будет зависеть судьба всего Эль-Хазарда.