События разворачиваются спустя некоторое время после завершения первого сезона. Ёко погружается в подводные исследования у берегов Мадагаскара, в то время как Мадока, не в силах активировать «глаз ауры», решает вернуться в Камогаву. По прибытии она находит письма от своих друзей Лан и Мугини, которые делятся своими жизненными событиями и поздравляют её с наступлением Нового года. Время летит, и учебный год подходит к концу — Мадока переходит в новый класс, а её день рождения уже не за горами. В это время её близкие подруги прилетают, чтобы увидеть копию Камогавы в межгалактическом туристическом центре на планете Полигидрон. Их встреча обострит старые чувства и вызовет новые эмоции, заставляя героинь переосмыслить свои мечты и стремления. В этом мире дружбы и приключений Мадока и её подруги столкнутся с новыми вызовами, которые помогут им расти и развиваться.